Trước đây, Phù Khê là một xã thuộc thị xã Từ Sơn.

Ngày 12 tháng 1 năm 2021, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 1191/NQ-UBTVQH14 về việc thành lập các phường thuộc thị xã Từ Sơn (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2021)[1]. Theo đó, thành lập phường Phù Khê trên cơ sở toàn bộ 3,47 km² diện tích tự nhiên và 12.703 người của xã Phù Khê.